建物のアイコンとなる、木格子が覆う逆さ富士をイメージした展示棟は、全面に広がる富士山からの湧水を引き込んだ水盤に映しこまれることで富士の姿となり、内部に豊富な湧水をたくわえた「水の山」としての富士山を象徴的に表しています。建物は展示棟の他、北棟と西棟から構成され、展示棟内部に設置されたらせんスロープを、壁面に投影される富士登山道の映像を見ながら登ることで、富士登山の疑似体験ができます。登り切った最上階からは、ピクチャーウィンドウで切り取られた富士山の景色を一枚の絵のように眺めることができます。建築デザインはプリッカー賞受賞者である坂茂氏です。